Κατ' αρχάς για να εκδώσεις μια άδεια (δόμησης, μικρής κλίμακας, 48ωρη) πρέπει όλα να είναι νόμιμα ή τακτοποιημένα.
Αν δεν είναι τότε είτε τα νομιμοποιείς αν είναι σύννομα είτε τα τακτοποιείς με τον Ν.4178/13 αν αυτό είναι δυνατό.
Αν δεν είναι σύννομα και δεν είναι δυνατή η τακτοποίηση των αυθαιρέτων τότε δεν μπορεί να εκδοθεί άδεια οποιουδήποτε είδους εκτός εάν γίνει ψευδής δήλωση.

Οι παλιές διατάξεις για τις εργασίες μικρής κλίμακας έχουν καταργηθεί. (το θέμα αυτό στο οποίο ανάρτησες την απορία σου είναι αρκετά παλιό και ξεπερασμένο)
Πλέον ισχύει ο ΝΟΚ (Ν.4067/12) και το άρθρο 4, §2 αυτού αφορά τις εργασίες μικρής κλίμακας.
Αυθαίρετα σύννομα για τα οποία θα έπρεπε να εκδοθεί άδεια εργασιών μικρής κλίμακας ή 48ωρη δύνανται να νομιμοποιηθούν σύμφωνα με την §6 του άρθρου 4 του ΝΟΚ όπως ισχύει:
"Σε περίπτωση αυθαίρετης κατασκευής, που τηρεί τις ισχύουσες πολεοδομικές διατάξεις ή αυτές που ίσχυαν κατά το χρόνο κατασκευής της, αυτή είναι δυνατόν να νομιμοποιηθεί ύστερα από έκδοση ή αναθεώρηση της άδειας δόμησης είτε μετά από την έκδοση έγκρισης εργασιών μικρής κλίμακας για τις εργασίες των §2 και §3 του παρόντος άρθρου. Στις περιπτώσεις νομιμοποίησης αυθαιρέτων εργασιών της §3 εκδίδεται έγκριση εργασιών μικρής κλίμακας μόνο με την υποβολή τεχνικής έκθεσης."